工業冷水機有完善的安全保護裝置，一般不會出現危險的事情。
首先，冷水機是水、電、壓力三者結合的系統，使用時要特別小心，機器首先要可靠接地！時刻檢查水位，注意不要讓水溢出或飛濺到電器部分。冷水機最大的故障隱患就是系統冷媒漏，冷水機氟利昂系統壓力大于大氣壓，接口眾多，受機箱空間影響，內部管路走向崎嶇蜿蜒，工藝口、毛細管等管徑較小，這些問題都會增加系統破裂的風險。所以平時機器正常時，盡量不要去打開機箱，以免不小心碰漏了系統。
一般冷水機設計的冷凍水溫在5—15度，所以用戶盡量不要把水溫設定到5度以下（導致制冷量下降、蒸發器表面結冰、壓縮機表明結霜并長期運行而溫度卻不能下降）或15度以上，也有可以在25度長期運行的，但溫度設置過高，會導致壓縮機發燙、負荷過大、高壓升高。無論如何，設置水溫太高或太低，都會影響冷水的壽命，嚴重的會直接損壞機器或立即被保護電路保護停機。用戶使用一段時間后，發覺制冷效果不如以前好了，首先請檢查冷凝葉片間（風冷機）的縫隙是否被灰塵堵住（這種情況一般伴隨著機器高壓升高，可看高壓表的壓力指示，甚至高壓保護停機），如堵住，用氣槍清理即可，同時檢查水箱的清潔度，蒸發器表面有水垢的要清理干凈。如是水冷機，則要開啟水冷凝器的水系統側清洗水垢或泥漿，同樣也要檢查清理水箱和蒸發器，必須定期更換水箱里面的冷凍水，保持清潔。