HSE管理體系管理手冊、文件的貫徹實施和兩書一表的執行，實質上就是HSE管理體系的運行，因此，當HSE管理體系管理手冊由最高管理者簽發命令發布，HSE管理體系文件經相關領導批準實施后，應立即分層次組織各級管理人員進行學習和貫徹執行，使全體員工認識到新建立的HSE管理體系是對舊的管理模式的一場變革，是為了與國際慣例接軌，使企業樹立良好的社會形象，增強市場競爭力的重大舉措，要適應這場管理模式的創新，就必須認真學習和貫徹體系文件。

不同層次的員工掌握的體系文件內容應有所不同。高層管理人員，應看重掌握HSE管理體系的原理、原則、功能及控制方法；中層管理人員主要應掌握本部門體系要素的工作內容；執行層人員應著重掌握手冊的支持性文件中涉及各自崗位的操作標準、規定、程序。按照HSE管理體系設計的要求，對組織機構進行適當的調整，對各職能部門和相關層次人員的職責進行分配，明確隸屬關系以及協調方式，形成有效運行機制。